真菌通過營養階段之後，便進入繁殖階段，經過繁殖產生許多新個體。 真菌的繁殖方式通常分為有性繁殖和無性繁殖二類。
有性繁殖以細胞核的結合為特徵，無性繁殖是指不經過兩性細胞的配合便能產生新的個體，即營養繁殖為特徵。 大部分真菌都能進行無性與有性繁殖，並且以無性繁殖為主。 有的菌種缺少無性繁殖階段，而另一些菌種缺少有性繁殖階段。
(一) 、真菌的無性繁殖
1、無性繁殖的類型?
真菌的無性繁殖方式可概括為四種：
(1) 菌絲體的斷裂片段可以產生新個體，大多數真菌都能進行這種無性繁殖，實驗室“轉管”接種便是利用這一特點來繁殖菌種。
(2) 營養細胞分裂產生子細胞，如裂殖酵母菌無性繁殖就像細菌一樣，母細胞一分為二的繁殖。
(3) 出芽繁殖，母細胞出“芽”，每個“芽”成為一個新個體，酵母菌屬的無性繁殖就是這種類型的繁殖。
(4) 產生無性孢子，每個孢子可萌發為新個體。
2、無性孢子的類型?
無性繁殖過程所產生的孢子稱無性孢子。無性孢子的形狀、顏色、細胞數目、排列方式、產生方法都有種的特徵性，因而可作為鑑定菌種的依據。
(1) 游動孢子(zoospore) 鞭毛菌的菌絲可直接形成或發育成各種形狀的游動孢子囊，游動孢子囊內的原生質體分割成許多小塊，小塊逐漸變圓，圍以薄膜而形成游動孢子。 游動孢子腎形、梨形或球形，具一或二根鞭毛，在水中游動一段時間後，鞭毛收縮，產生細胞壁進行休眠，然後萌發形成新個體。
(2) 孢囊孢子(Sporangiospores) 接合菌無性繁殖所產生的孢子生在孢子囊內，孢子囊一般生於營養菌絲或孢囊梗的頂端。 孢子囊內的原生質體割裂成許多小塊，每一塊發育成一個孢囊孢子，數量一般都相當大。
(3) 分生孢子(Conidiospore 或Conidium) 子囊菌和半知菌類的無性孢子是分生孢子。 簡單的分生孢子是由特化菌絲先端通過一定方式發生的，其下方的特化菌絲叫分生孢子梗(conidio phore) 。 梗有單生的，散生的，成叢的，還有成束的。 有的分生孢子梗自墊狀菌絲生出，使產孢總體結構呈盤狀，叫分生孢子盤。 有的菌種是在菌絲堆上生出分生孢子梗和分生孢子。 還有些真菌的分生孢子生在覆碗狀或球形的分生孢子器中。
(4) 厚垣孢子(chlamydospore) 有些真菌在菌絲頂端或中間產生一個孢子，它的外圍被厚壁包圍著，叫厚垣孢子，也叫厚壁孢子。
(5) 節孢子(arthrospore) 有些真菌菌絲發生斷裂後成為節孢子。
(二) 、真菌的有性繁殖?
1、有性繁殖的過程?
有性繁殖以細胞核的結合為特徵，這種核的結合是通過能動或不能動的配子、配偶囊、菌體之間的結合來實現的。 有性繁殖過程一般包括下列三個階段：
(1) 質配：首先是兩個細胞的原生質進行配合。
(2) 核配：兩個細胞裡的核進行配合。 真菌從質配到核配之間時間有長有短，這段時間稱雙核期，即每個細胞裡有兩個沒有結合的核。 這是真菌特有的現象。
(3) 減數分裂：核配後或遲或早將繼之以減數分裂，減數分裂使染色體數目減為單倍。 真菌的有性生殖一般是通過性細胞的結合，產生一定形態的有性孢子來實現的。 真菌形成有性孢子有兩種不同方式。 第一種方式是真菌經過核配以後，含有雙倍體細胞核的細胞直接發育而形成有性孢子，這種孢子的細胞核處於雙倍體階段，在它萌發時才進行減數分裂，卵菌和接合菌的有性孢子就是這種情況，處於雙倍體階段。 第二種方式是在核配以後，雙倍體的細胞核進行減數分裂，然後再形成有性孢子，所以這種有性孢子的細胞核是處於單倍體階段，子囊菌和擔子菌的有性孢子屬於這種情況。
2、有性孢子類型?
(1) 卵孢子(oospore) ? 卵菌中的有性孢子為卵孢子。 當繁殖時在菌絲上先生出藏卵器和雄器，雄器的核移入藏卵器與卵球結合後形成雙倍體的卵孢子。 在不同的菌種中卵球可能一個，也可能多個( 圖2.9) 。
(2) 接合孢子(zygospore) ? 接合菌的有性孢子為接合孢子。 來自兩個不同菌株的同形配偶囊，互相接觸後，接觸處的胞壁溶解，來自雙方的細胞質和細胞核融合起來形成一個雙倍體的接合孢子。
(3) 子囊孢子(ascospore) ? 子囊菌的有性孢子為子囊孢子。 雙核菌絲產生幼小子囊，其中的雙核進行核配後減數分裂產生4 個新核，再分裂一次形成8 個核，然後以核為中心逐步形成單倍體的子囊孢子，一個子囊內往往有8 個子囊孢子。
(4) 擔孢子(basidiospore) ? 擔子菌的有性孢子為擔孢子。擔孢子的形成過程與子囊孢子相似，不同的是
(1)核配後減數分裂所形成的4個核不再進行分裂；
(2)以核為中心所形成的擔孢子最終在擔子外部形成；
(3)擔子有縱隔的，也有生橫隔的，多數是單室無隔。
三、真菌的菌落特徵?
在自然基質或人工培養基上由一段( 或一叢) 菌絲或一個( 或一堆) 孢子發展而成的菌絲體的整體稱菌落。 黴菌的菌落和放線菌一樣也是由分枝狀菌絲組成。 因菌絲較粗而長，形成的菌落較疏鬆，呈絨毛狀、絮狀或蜘蛛網狀，一般比細菌菌落大幾倍到幾十倍。 有些黴菌，如根黴、毛黴、鏈孢黴生長很快，菌絲在固體培養基表面蔓延，以至菌落沒有固定大小。 有的黴菌菌落生長則有一定的局限性，直徑1~2cm 或更小。 菌落表面常呈現出肉眼可見的不同結構和色澤特徵，這是因為黴菌形成的孢子有不同形狀、構造和顏色，有的水溶性色素可分泌到培養基中，使菌落背面呈現不同顏色；一般處於菌落中心的菌絲菌齡較大，位於邊緣的則較年幼。 菌落具有“霉味”。 同一種黴菌，在不同成分培養基上的菌落特徵可能有變化。 但各種黴菌，在同一培養基上的菌落形狀、顏色等相對穩定。 故菌落特徵也是鑑定黴菌的重要依據之一。
酵母菌的菌落與細菌的有些相似，但較細菌菌落大而厚，一般呈油脂或蠟脂狀，表面光滑、濕潤、呈乳白色或紅色。 有些種的菌落可因培養時間過長而表面皺縮。 酵母菌菌落往往有“酒香味”。
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